8.6.82 - Released: 2025-05-21 - Content: 275062 cells
Morphology File (Standardized)
Morphology File (Original)
Log File (Standardized)
Log File (Original)



3D Cell Viewer - Java, legacy
3D Cell Viewer - WebGL, novel
Animation
Similar Neurons
Details about selected cell
NeuroMorpho.Org ID :  NMO_69944
Cell Name :  YF12002_4001-5000_bright759
Archive Name :  Zeng
Species Name :  mouse
Strain :  Thy1-YFP-H
Structural Domains :  Dendrites, Soma, Axon
Physical Integrity :  Dendrites Moderate, Axon Incomplete
Morphological Attributes :  No Diameter, 3D, Angles
Min Age :  21.0 days
Max Age :  21.0 days
Gender :  Male
Min Weight :  10.77 grams
Max Weight :  10.77 grams
Development :  young adult
Primary Brain Region :  neocortex
Secondary Brain Region :  Not reported
Tertiary Brain Region :  Not reported
Primary Cell Class :  principal cell
Secondary Cell Class :  pyramidal
Tertiary Cell Class :  Not reported
Original Format :  NeuroGPS-Tree.swc
Experiment Protocol :  in vitro
Experimental Condition :  Control
Staining Method :  yellow fluorescent protein
Slicing Direction :  coronal
Slice Thickness :  1  μm
Tissue Shrinkage :  Not reported
Objective Type :  Not reported
Magnification :  Not reported
Reconstruction Method :  NeuroGPS-Tree
Date of Deposition :  2015-01-16
Date of Upload :  2017-07-19
Persistence Vector :  YF12002_4001-5000_bright759.pvec

Reference Article
Related Article Reference :  NeuroGPS-Tree: automatic reconstruction of large-scale neuronal populations with dense neurites.

Measurements
Soma Surface :  3358.23 μm2
Number of Stems :  14
Number of Bifurcations :  72
Number of Branches :  158
Overall Width :  205.19 μm
Overall Height :  944.42 μm
Overall Depth :  264.37 μm
Average Diameter :  1 μm
Total Length :  7530.74 μm
Total Surface :  23658.5 μm2
Total Volume :  5914.63 μm3
Max Euclidean Distance :  624.65 μm
Max Path Distance :  781.83 μm
Max Branch Order :  19
Average Contraction :  0.9
Total Fragmentation :  7911
Partition Asymmetry :  0.6
Average Rall's Ratio :  2
Average Bifurcation Angle Local :  51.95°
Average Bifurcation Angle Remote :  67.49°
Fractal Dimension :  1.02

© Copyright 2006-2025   George Mason University All Rights Reserved.   Link Graphic to NIF website