8.6.96 - Released: 2025-11-05 - Content: 284158 cells
Morphology File (Standardized)
Morphology File (Original)
Log File (Standardized)
Log File (Original)



3D Cell Viewer - Java, legacy
3D Cell Viewer - WebGL, novel
Animation
Similar Neurons
Details about selected cell
NeuroMorpho.Org ID :  NMO_170849
Cell Name :  TRN-3-cer-488-Iba1-594-1
Archive Name :  Xiong
Species Name :  mouse
Strain :  C57BL/6J
Structural Domains :  Processes, No Soma
Physical Integrity :  Processes Moderate
Morphological Attributes :  No Diameter, 2D, Angles
Min Age :  3.0 months
Max Age :  5.0 months
Gender :  Male/Female
Min Weight :  20 grams
Max Weight :  30 grams
Development :  adult
Primary Brain Region :  ventral thalamus
Secondary Brain Region :  thalamic reticular nucleus
Tertiary Brain Region :  Not reported
Primary Cell Class :  Glia
Secondary Cell Class :  microglia
Tertiary Cell Class :  Iba1-positive
Original Format :  NeuronJ.ndf
Experiment Protocol :  in vitro
Experimental Condition :  Control
Staining Method :  immunostaining
Slicing Direction :  coronal
Slice Thickness :  60  μm
Tissue Shrinkage :  Not reported
Objective Type :  oil
Magnification :  60x
Reconstruction Method :  NeuronJ
Date of Deposition :  2021-09-08
Date of Upload :  2021-12-14
Persistence Vector :  TRN-3-cer-488-Iba1-594-1.pvec

Reference Article
Related Article Reference :  Microglia modulate stable wakefulness via the thalamic reticular nucleus in mice.

Measurements
Soma Surface :  N/A
Number of Stems :  1
Number of Bifurcations :  6
Number of Branches :  13
Overall Width :  166.62 μm
Overall Height :  54.74 μm
Overall Depth :  0 μm
Average Diameter :  1 μm
Total Length :  382.3 μm
Total Surface :  1201.02 μm2
Total Volume :  300.25 μm3
Max Euclidean Distance :  132.84 μm
Max Path Distance :  148.28 μm
Max Branch Order :  4
Average Contraction :  0.94
Total Fragmentation :  75
Partition Asymmetry :  0.53
Average Rall's Ratio :  2
Average Bifurcation Angle Local :  109.76°
Average Bifurcation Angle Remote :  86.5°
Fractal Dimension :  1.02

© Copyright 2006-2025   George Mason University All Rights Reserved.   Link Graphic to NIF website