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Details about selected cell
NeuroMorpho.Org ID :  NMO_139207
Cell Name :  Siemsen_3-6
Archive Name :  Siemsen
Species Name :  rat
Strain :  Long-Evans
Structural Domains :  Processes, No Soma
Physical Integrity :  Processes Moderate
Morphological Attributes :  No Diameter, 3D, Angles
Min Age :  3.0 months
Max Age :  3.5 months
Gender :  Male
Min Weight :  Not reported
Max Weight :  Not reported
Development :  adult
Primary Brain Region :  ventral striatum
Secondary Brain Region :  nucleus accumbens
Tertiary Brain Region :  Not reported
Primary Cell Class :  Glia
Secondary Cell Class :  microglia
Tertiary Cell Class :  Iba1-positive
Original Format :  Imaris.imx
Experiment Protocol :  in vivo
Experimental Condition :  lipopolysaccharide injection
Staining Method :  Alexa Fluor 488
Slicing Direction :  coronal
Slice Thickness :  100  μm
Tissue Shrinkage :  Not reported
Objective Type :  oil
Magnification :  63x
Reconstruction Method :  Imaris
Date of Deposition :  2020-05-18
Date of Upload :  2020-09-01
Persistence Vector :  Siemsen_3-6.pvec

Reference Article
Related Article Reference :  Chronic intermittent ethanol and lipopolysaccharide exposure differentially alter Iba1-derived microglia morphology in the prelimbic cortex and nucleus accumbens core of male Long-Evans rats.

Measurements
Soma Surface :  N/A
Number of Stems :  2
Number of Bifurcations :  169
Number of Branches :  340
Overall Width :  22.63 μm
Overall Height :  58.62 μm
Overall Depth :  47.75 μm
Average Diameter :  0.25 μm
Total Length :  849.6 μm
Total Surface :  667.27 μm2
Total Volume :  41.7 μm3
Max Euclidean Distance :  41.09 μm
Max Path Distance :  55.56 μm
Max Branch Order :  29
Average Contraction :  0.93
Total Fragmentation :  6382
Partition Asymmetry :  0.74
Average Rall's Ratio :  2
Average Bifurcation Angle Local :  94.8°
Average Bifurcation Angle Remote :  83.65°
Fractal Dimension :  1.05

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