8.6.96 - Released: 2025-11-05 - Content: 284158 cells
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Details about selected cell
NeuroMorpho.Org ID :  NMO_87851
Cell Name :  Shi2013_Fig8_O
Archive Name :  Badea
Species Name :  mouse
Strain :  C57Bl6/129Sv
Structural Domains :  Dendrites, Soma, Axon
Physical Integrity :  Dendrites Complete, Axon Incomplete
Morphological Attributes :  Diameter, 3D, Angles
Min Age :  2.0 months
Max Age :  4.0 months
Gender :  Not reported
Min Weight :  25 grams
Max Weight :  35 grams
Development :  adult
Primary Brain Region :  retina
Secondary Brain Region :  ganglion layer
Tertiary Brain Region :  Not reported
Primary Cell Class :  principal cell
Secondary Cell Class :  ganglion
Tertiary Cell Class :  Not reported
Original Format :  Neuromantic.swc
Experiment Protocol :  in vivo
Experimental Condition :  Brn3b-/-; Brn3c CKOAP/-
Staining Method :  alkaline phosphatase
Slicing Direction :  Not reported
Slice Thickness :  100  μm
Tissue Shrinkage :  Reported 20%
Not corrected
Objective Type :  dry
Magnification :  20x
Reconstruction Method :  Neuromantic
Date of Deposition :  2018-03-04
Date of Upload :  2018-08-02
Persistence Vector :  Shi2013_Fig8_O.pvec

Reference Article
Related Article Reference :  Genetic interactions between Brn3 transcription factors in retinal ganglion cell type specification.

Measurements
Soma Surface :  133.64 μm2
Number of Stems :  4
Number of Bifurcations :  117
Number of Branches :  238
Overall Width :  137.45 μm
Overall Height :  176.26 μm
Overall Depth :  70.98 μm
Average Diameter :  1.44 μm
Total Length :  5248.65 μm
Total Surface :  24152.4 μm2
Total Volume :  10581.2 μm3
Max Euclidean Distance :  114.07 μm
Max Path Distance :  404.42 μm
Max Branch Order :  17
Average Contraction :  0.74
Total Fragmentation :  2794
Partition Asymmetry :  0.55
Average Rall's Ratio :  1.78
Average Bifurcation Angle Local :  79.58°
Average Bifurcation Angle Remote :  83.27°
Fractal Dimension :  1.12

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