8.6.96 - Released: 2025-11-05 - Content: 284158 cells
Morphology File (Standardized)
Morphology File (Original)
Log File (Standardized)
Log File (Original)



3D Cell Viewer - Java, legacy
3D Cell Viewer - WebGL, novel
Animation
Similar Neurons
Details about selected cell
NeuroMorpho.Org ID :  NMO_87869
Cell Name :  Shi2013_Fig6_K
Archive Name :  Badea
Species Name :  mouse
Strain :  C57Bl6/129Sv
Structural Domains :  Dendrites, Soma, Axon
Physical Integrity :  Dendrites Complete, Axon Incomplete
Morphological Attributes :  Diameter, 3D, Angles
Min Age :  2.0 months
Max Age :  4.0 months
Gender :  Not reported
Min Weight :  25 grams
Max Weight :  35 grams
Development :  adult
Primary Brain Region :  retina
Secondary Brain Region :  ganglion layer
Tertiary Brain Region :  Not reported
Primary Cell Class :  principal cell
Secondary Cell Class :  ganglion
Tertiary Cell Class :  Not reported
Original Format :  Neuromantic.swc
Experiment Protocol :  in vivo
Experimental Condition :  Brn3b-/-; Brn3a CKOAP/+
Staining Method :  alkaline phosphatase
Slicing Direction :  Not reported
Slice Thickness :  100  μm
Tissue Shrinkage :  Reported 20%
Not corrected
Objective Type :  dry
Magnification :  20x
Reconstruction Method :  Neuromantic
Date of Deposition :  2018-03-04
Date of Upload :  2018-08-02
Persistence Vector :  Shi2013_Fig6_K.pvec

Reference Article
Related Article Reference :  Genetic interactions between Brn3 transcription factors in retinal ganglion cell type specification.

Measurements
Soma Surface :  352.72 μm2
Number of Stems :  2
Number of Bifurcations :  159
Number of Branches :  320
Overall Width :  215.85 μm
Overall Height :  294.87 μm
Overall Depth :  54.51 μm
Average Diameter :  1.93 μm
Total Length :  8222.57 μm
Total Surface :  50737.7 μm2
Total Volume :  27849.5 μm3
Max Euclidean Distance :  222 μm
Max Path Distance :  333.09 μm
Max Branch Order :  15
Average Contraction :  0.76
Total Fragmentation :  4279
Partition Asymmetry :  0.56
Average Rall's Ratio :  1.68
Average Bifurcation Angle Local :  82.84°
Average Bifurcation Angle Remote :  75.14°
Fractal Dimension :  1.1

© Copyright 2006-2025   George Mason University All Rights Reserved.   Link Graphic to NIF website